第46集 钢铁悟空兽大反攻
正当阿助和美美离开了大队后，他们看见天上掉下了一颗陨石，同时奥加兽被陨石击中受伤。美美不忍心丢下它不管，就让阿丈为它包扎。突然木偶兽出现，将祖顿兽打败。这时，钢铁悟空兽出现了。趁钢铁悟空兽与木偶兽战斗时，美美和阿丈逃脱。正当他们快要被钢铁悟空兽发现时，一只数码兽出现在他们面前，它到底是敌还是友？
第47集 打倒木偶兽
在阿助及美美面前出现的，原来是由狮子兽进化而成的究极体黄金剑狮兽。他们来到阿丈打工过的餐厅，但那里已经是废墟了。他们在那里遇到怪蛙兽和蝌蚪兽。这时钢铁悟空兽出现。由于它全身都是全宇宙最硬的金属，黄金剑狮兽不够它打。而且它为了保护美美受了重伤。最后祖顿兽用也是全宇宙最硬的金属的锤子打破了钢铁悟空兽的身体，最终消灭了它。同时，太一他们经过艰难的战斗，由突然出现的钢铁加鲁鲁打败了木偶兽。狮子兽死了，美美十分伤心，她想去初生之镇，但奥加兽说那里已经是废墟了。于是阿丈和美美决定联合以前帮助过他们的数码兽一起打倒四天王。当太一他们赶到时，阿和再次在大家面前消失了。森林也随着木偶兽的死而消失了。
第48集 轰炸指令，机械邪龙兽
太一等五人来到一个城市，小光却感冒了。光子郎和太一出去找感冒药，光子郎因为多次上网被机械邪龙兽捕捉到线路而受到攻击。太一非常激动，原来小时候有一次因为他的疏忽，小光差点死去。最后，由于机械邪龙兽无法捕捉到两人，决定炸掉整个城市。幸好阿武察觉，在他们所处的房屋内及时离开。但是，机械邪龙兽却出现在众人面前，用无限大炮将众人打到了地底。
第49集 再见，鼻涕兽
众人在地底失散。阿空、阿武和小光首先会合，他们见到虐待鼻涕兽的黑暗熊仔兽，被它击。小光的身体突然发光，使数码兽变强，也使鼻涕兽醒悟，终于打败了熊仔兽。同一时间，太一和光子郎遇到安杜路兽。但他们也遇到机械邪龙兽。小光他们及时赶到，鼻涕兽被机械邪龙兽全部杀死，使小光极端愤怒。她身体再次发光，使亚古兽恢复能量，进化成战斗暴龙兽，终于打败了机械邪龙兽。城市也消失了。
第50集 女性对决，妖女兽
太一等五人在魔之山顶遇到女恶魔兽。太一知道很快就要面对小丑皇，于是叫阿空和阿武立即去找回阿和、阿丈和美美，由天女兽和超比多兽与女恶魔兽对战。女恶魔兽非常强大，两兽多次面临下风，但最终天女兽用神圣十字架战胜了女恶魔兽。就在他们胜利的同时，小丑皇出现了。
第51集 地狱来的小丑，小丑兽
阿丈和美美发现艾力兽。它在吹阿和的口哨。阿丈断定阿和在附近，决定过河寻找阿和。阿和跌进了黑暗山洞，并且他的自暴自弃使黑暗力量不断包围他。加布兽用真情打动了他，使他明白他一直都不是一个人的。然后山洞消失了。阿丈发现了阿和，而且阿空和阿武也到了。但是，阿空也掉进了同样的山洞，被重大的责任所压迫，被黑暗力量包围。阿和与阿丈也用真情打动了她。于是四人离开山洞，赶往魔之山顶。同时，战斗暴龙兽被打败。太一仍不让大家帮忙，他坚信阿和会回来。阿和真的回来了，他们的友情使友情纹卡发光，战斗暴龙兽恢复力量。两只究极体准备与小丑皇一决高下……
第52集 圣剑士，神圣天使兽
小丑皇一时打不过两只究极体数码兽，就把他们变成钥匙扣。而且他击众小朋友，一个个地把他们和他们的数码兽变成钥匙扣。最后，当阿武和小光摔下山崖时，阿武永不放弃的心使纹卡放光，使天使兽进化成神圣天使兽，救出众人。美美与其他的正义数码兽赶到，一起向小丑皇与大群邪魔兽发起攻击。最后，集战斗暴龙兽、钢铁加鲁鲁兽和神圣天使兽的必杀技终于打败了小丑皇。然而，加来老伯发邮件来说众小朋友的战斗还没有结束。
第53集 最后的敌人
加来告诉他们真正的敌人是在火之墙壁后面的黑暗数码兽。而且它最后出现了。他告诉众人他是所有在进化途中被小朋友们消灭的数码兽的邪念的集合体，而且他的实力超强，首先将所有数码兽退化，然而居然弄碎了纹卡，最后还将小朋友们和数码兽的数据分解。众小朋友在数码兽的鼓励下，找回自信，使心中的纹卡发光，使数码兽们进化并回到了战场。
第54集 美丽新世界
众小朋友将纹卡发挥到最高的境界，使数码兽的实力提升十倍，最终挡住了最终一击。一切都完结了。大家准备在数码世界渡过暑假，但加来老伯告诉他们数码世界的时间将要恢复正常，而且数码世界的大门也将要关闭。于是众小朋友与他们的数码兽做了简短的告别，踏上了归途……