第88集 懒人翁香蕉乐园的卡比兽
小智等人看到有趣的招牌「懒人翁香蕉乐园」，决定顺路进去逛逛。小胜与小遥听说这个搜集很多懒人翁的动物园有香蕉甜点，高兴极了。然而，进入园内，什么人也没看见，一片荒凉。原因似乎是因为卡比兽吃光了园内的香蕉，使得懒人翁不愿见人。小智等人受园玛奇之托，决定想办法赶走卡比兽.....
第89集 皮卡丘加入火箭队
小智等人终于到了接近水静市的地方。但是，他们却在市区前方的森林受到火箭队偷袭。小智等人被爆炸炸飞。然后，等皮卡丘醒来时，它已经因为爆炸的冲击而丧失记忆。在旁的喵喵见机不可失，故意捏造谎言哄骗皮卡丘加入火箭队...
第90集 到达水静市！能量方块与回转攻！
小智等人终于抵达水静市。公园的果实市场非常热闹，一行人看得雀跃不已。并与加奈及她的搭档「操纵神奇宝贝」噗噗猪成为朋友，被招待到加奈的家里玩。在那里，小遥使用果实调理机尝试自己制造能量方块。另一方面，小智的大王燕从人称绝招高手的加奈的爷爷那里，学习「回转攻」的绝招..
第91集 神奇宝贝华丽大赛！水静大会!!
神奇宝贝华丽大赛水静大会终于开始了。但是，最初登场的小遥与力壮鸡，遇到了意想不到的状况。比赛中，小遥跌倒，力壮鸡的火炎正好扑向小遥。幸好小遥临危不乱，化解危机，成功的表演结束。加奈以小遥为榜样，士气大振，与噗噗猪一起登场。到底加奈与噗噗猪会拿出什么样的表演呢？
第92集 那三只登场！裁判学校之岛！
小智等人得到了第三个缎带勋章。为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，船其实是到达邦巴岛的。在那里，小智等人遇到了带着妙蛙草、卡咪龟、火恐龙的少年，吉米。吉米正在神奇宝贝比赛裁判养成学校学习如何当裁判。受养成学校老师莎莉娜所托，小智与小刚加入帮忙学生的双打比赛的实习课...
第93集 珍珠贝与跳跳猪！寻找珍珠！
小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，非常困扰。于是神奇宝贝们就潜入海中帮忙寻找，偏偏怎样都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的研究学家，告诉他们只要找到「双壳神奇宝贝」珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到罕见的蓝珍珠。并且，火箭队的人也跑了过来...
第94集 古空棘鱼与深海的秘宝！
在瓦滋瓦岛的海边，小智等人遇到了一位男性，草也。草也宣称自己是以搜寻海中宝物贩卖维生的宝物猎人。听说草也可能发现了古时沉船的宝物，小智等人马上跟着起哄，前往海中寻宝，但是听到风声的火箭队也靠近过来...
第95集 猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！
小智等人来到伊吕波三岛。一行人把没有元气的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的的关键，在于「深海之牙」与「深海之鳞」上头。小智等人为了解开海底谜题，与岛上的少女奈美子一起前往古老传说中的洞窟...