第24集
加入了新伙伴「无赖神奇宝贝」龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和学习。在与火箭队的战斗中，龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵得回到神奇宝贝球里，但是，神奇宝贝球放在露营的帐篷内。小智打算到神奇宝贝中心请求支持，于是背起龙虾小兵开始跑！但是，到神奇宝贝中心得经过的河却没有桥。而且，这河里还居住了很多「野蛮神奇宝贝」利牙鱼．．．小智能够打败这些利牙鱼吗！？
第25集
为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树，持续旅行的小智一行人，把锻炼自己和寻找珍奇的神奇宝贝当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和「沼鱼神奇宝贝」水跃鱼以及沼泽的主人认识。不管什么，来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方？向来以打工谋生的小刚倍感兴趣，这时打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器却出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！！到底小智一行人得怎样面对这个危机！？并且保护水跃鱼群们呢！？
第26集
在某个洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。在急于逃离吼爆弹打的情况下，小智等人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等神奇宝贝也拼命的想寻找小智。神奇宝贝们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，突然的，四周响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。神奇宝贝们的身上是出什么事了.!还有，这个吹草笛的，到底是谁.
第27集
以突破武斗道馆为目标，而持续修行的小智等人，在某个洞窟里面发现了少年和辉的基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想篡夺和辉的基地，却突然出现神秘的一队人马，火岩队，占据了这个基地。火岩队在基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看火岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来…
第28集
小智等人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的神奇宝贝的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的「蛹神奇宝贝」甲壳蛹进化成「蝴蝶神奇宝贝」狩猎凤蝶了!!其进化令小遥高兴极了。然而，火箭队的武藏却不高兴极了。因为她所疼爱的蛹神奇宝贝盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队的人所拥有的神奇宝贝根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的神奇宝贝来磨练，以再度向小智等人挑战。
第29集
今天小智等人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了…。另一方面，火箭队为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击!!那是真正的妖怪吗.小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢.
第30集
为了再次挑战武斗道馆的道馆训练家藤树而持续修行的小智等人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战!!虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，「面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的」听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子…
第31集
为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终于要向道馆训练家藤树做复仇战了。可是在藤树的练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…。面对藤树猛发攻势的神奇宝贝，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的神奇宝贝果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是，小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安…。