第40集
抵达紫菫市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫菫道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。，小智与现身的道馆训练家，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去神奇宝贝中心疹疗后，才知道皮卡丘在与雷公战斗的过程中，吸收了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那么大….
第41集
小智等人结束了在紫菫市的道馆赛，为了让小遥参加神奇宝贝华丽大赛，而决定前往秋叶镇。一行人途中发现河面有西瓜漂过来，于是把西瓜捞过来吃了。这时少女纳奇出现了。她误以为小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩虫与森林蜥蜴攻击小智。一行人解开了误会，被邀请到纳奇的西瓜田去。在那里，小智与纳奇以西瓜田旁边的战斗场地，展开了一场双打比赛。比赛进行中，想偷走西瓜的火箭队出现了…
第42集
小智等人来到了远遥湖畔的一个城镇。由于那里即将举办庆典，罗密欧带着电萤虫，朱丽叶带着甜甜萤，努力的做舞蹈练习。可是罗密欧对电萤虫下错指示，在小智等人面前出了洋相……细问之下，才知道罗密欧与电萤虫都喜欢上了朱丽叶与甜甜萤，因为太在意舞蹈的对方，而拿不出平常的实力。于是小智等人决定帮助罗密欧与电萤虫…
第43集
小智等人向着秋叶镇的方向前进，在悬崖斜面上的山路行走。在那里，一行人遇到了崖上跳下来的石头神奇宝贝，宝贝龙。小智认识了宝贝龙的主人米雪儿，得知宝贝龙想要飞翔的心愿…。由于宝贝龙进化成暴蝾螈之后就可以飞行，于是小智等人为了让宝贝龙早曰进化，决定与其对战。可是比赛中，火箭队又跑出来，把宝贝龙带走了。宝贝龙命运将会如何.它能够不经由进化而飞行吗.
第44集
小智等人向着秋叶镇前进，与睽违已久的小霞跟波克比，约定在途中的沙漠绿洲碰面。小霞接受绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是去被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到叫做米拉祖的国度去。波克比似乎是米拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随后上，遇到想利用波克比来登上王位的摄政韩佐，而发生一场战斗…
第45集
韩佐企图成为米拉祖王国下任国王，设下陷阱，引来了小霞与小智到宫殿。幸好被偶然认识的莎拉公主所救，正要与波克比一起逃脱到国外。但是韩佐的铁面忍者与脱壳忍者却突然来袭，将波克比强行夺走。韩佐奸计得逞成为国王后，还想利用波克比，到海市蜃楼另一头的波克比乐园，企图释放出被封印起来的危险力量。
第46集
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，途中存粮用尽，饿着肚子在荒野中流浪。此时搭救他们的，是在荒野中开垦的连胜家族。听说这个家的长子良平，也是为了成为神奇宝贝联盟的冠军而在外面旅行。一家人突然对小智等人提出四比四的挑战。与这个好战家族的比赛，结果将是如何呢？
第47集
小智一行人向着秋叶镇的方向继续旅行，途中在草丛发现一只精力旺盛的向尾喵。小智等人虽然不知道向尾喵虚弱的原因，但还是在看过芳香疗法书籍的小刚建议下，带着向尾喵前往研究神奇宝贝芳香疗法的「绿色之馆」。向尾喵经过馆内工作人员亚里莎的芳香治疗，果然恢复了元气。接着，小遥为了收服向尾喵正打算打一场的时候，火箭队的人又跑出来，把馆内的香水抢走了。
小智等人来到了远遥湖畔的一个城镇。由于那里即将举办庆典，罗密欧带着电萤虫，朱丽叶带着甜甜萤，努力的做舞蹈练习。可是罗密欧对电萤虫下错指示，在小智等人面前出了洋相……细问之下，才知道罗密欧与电萤虫都喜欢上了朱丽叶与甜甜萤，因为太在意舞蹈的对方，而拿不出平常的实力。于是小智等人决定帮助罗密欧与电萤虫…
第43集
小智等人向着秋叶镇的方向前进，在悬崖斜面上的山路行走。在那里，一行人遇到了崖上跳下来的石头神奇宝贝，宝贝龙。小智认识了宝贝龙的主人米雪儿，得知宝贝龙想要飞翔的心愿…。由于宝贝龙进化成暴蝾螈之后就可以飞行，于是小智等人为了让宝贝龙早曰进化，决定与其对战。可是比赛中，火箭队又跑出来，把宝贝龙带走了。宝贝龙命运将会如何.它能够不经由进化而飞行吗.
第44集
小智等人向着秋叶镇前进，与睽违已久的小霞跟波克比，约定在途中的沙漠绿洲碰面。小霞接受绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是去被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到叫做米拉祖的国度去。波克比似乎是米拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随后上，遇到想利用波克比来登上王位的摄政韩佐，而发生一场战斗…
第45集
韩佐企图成为米拉祖王国下任国王，设下陷阱，引来了小霞与小智到宫殿。幸好被偶然认识的莎拉公主所救，正要与波克比一起逃脱到国外。但是韩佐的铁面忍者与脱壳忍者却突然来袭，将波克比强行夺走。韩佐奸计得逞成为国王后，还想利用波克比，到海市蜃楼另一头的波克比乐园，企图释放出被封印起来的危险力量。
第46集
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，途中存粮用尽，饿着肚子在荒野中流浪。此时搭救他们的，是在荒野中开垦的连胜家族。听说这个家的长子良平，也是为了成为神奇宝贝联盟的冠军而在外面旅行。一家人突然对小智等人提出四比四的挑战。与这个好战家族的比赛，结果将是如何呢？
第47集
小智一行人向着秋叶镇的方向继续旅行，途中在草丛发现一只精力旺盛的向尾喵。小智等人虽然不知道向尾喵虚弱的原因，但还是在看过芳香疗法书籍的小刚建议下，带着向尾喵前往研究神奇宝贝芳香疗法的「绿色之馆」。向尾喵经过馆内工作人员亚里莎的芳香治疗，果然恢复了元气。接着，小遥为了收服向尾喵正打算打一场的时候，火箭队的人又跑出来，把馆内的香水抢走了。