时间是日本平安时代。京都内潜伏着无数妖怪，还经常会串出来吃人。阴阳师就是用式神和咒语消灭这些妖怪的术士。年仅13岁的安倍昌浩是著名的阴阳师安倍晴明最小的孙子。可惜昌浩虽然拥有作为阴阳师的资质但目前还只是个半人类，且并不具备看透鬼怪、妖魔的力量，一度对自己失去信心决定放弃成为阴阳师。此时一只白色的怪物出现在昌浩面前，并愿意代替他的眼睛帮忙去看透妖怪们。于是昌浩和这只叫做小魔的白色怪物合作起来，为了保护京都，每天对抗各种出现的妖魔鬼怪。
穷奇篇
第1集 这名少年，成为晴明继承人
平安时代，年仅13岁的半人类少年安倍昌浩，虽然是全日本最著名的阴阳师安倍晴明的孙子，却似乎没能继承到爷爷的任何神通，完全没有能看见鬼怪妖魔的能力，于是决定放弃成为一名阴阳师。正当昌浩试图寻求别的前路也依然徒劳无功时，遇上了一只白色的怪物，这是名叫小魔的怪物愿意用自己的眼睛，代替昌浩的眼睛帮助他消灭妖魔鬼怪们。此时京都里各种妖怪肆虐，晴明委托昌浩去击退这些妖魔，昌浩以小魔的眼睛代替自己去看那些妖魔鬼怪，然后开始了伏击。
第2集 逢魔时刻宫里燃烧起来
成为实习阴阳师的昌浩到阴阳寮去做工作了。在接受过元服礼之后，昌浩被父亲吉昌带去觐见左大臣藤原道长，在那里邂逅了他的女儿彰子公主。那是一个拥有普通人所没有的强大灵能力，且有用眼看到妖魔鬼怪的能力。逐渐昌浩终于慢慢适应了作为一个实习阴阳师，却在阴阳寮里做杂务的生活，此时宫里却突然出现一只燃烧着的手。
第3集 黑暗里听闻胆怯之声
由于在几天前宫里的大火里，破坏了保护身体的结界，彰子张开了比晴明更坚固的结界。昌浩为了找出起火的原因，开始了自己极其不擅长的占卜，但占卜出来的意思昌浩并没有解开，他却依然在焦急地占卜着。昌浩没办法把被烧毁的地方恢复，另一方面占卜也一无所获。虽然没有听说鬼怪们晚上有出来活动，但此时火灾时出现过的妖气再次出现。
第4集 探索异邦之影
红莲的火焰居然毫无效果，那个妖怪就这么在自己眼前逃走，究竟它是什么？昌浩依然如常每天在阴阳寮工作，一方面又在思索这个问题。这天昌浩觉得很累于是在藏书房里睡着了，梦里居然出现了新的妖怪。经过多番查探，昌浩发现几天前出现的牛怪，以及自己梦里出现的妖怪都是来自他乡的异邦怪物。昌浩决定要找出它们的栖息之地，于是叫出隐藏的小鬼们查问，却突然听到有什么声音从瘴气后面传来。
第5集 击退凶猛的妖异
出现在眼前的妖怪，就是那些妖怪们的主人，他就是西方国度传说中的妖魔穷奇。由于力量相差过于悬殊，昌浩赶紧命令现出真身的红莲快逃，可红莲不仅没有离开，反而为了保护昌浩受伤，为什么红莲就算自己的命不要也非要保护昌浩呢。茫然间，昌浩似乎看到小时候天不怕地不怕的自己，在看着现在这个胆怯的自己。决定战斗下去的昌浩陷入了和穷奇的苦战，此时突然有人出现，且周身盈溢着凄烈的灵气。
第6集 黑夜抓住浮现的兆头
为了寻找来自异邦的妖魔穷奇，夜里昌浩反复在京都四处搜寻，结果没找到穷奇，反而不断受到小鬼们的袭击。昌浩返回当时遭到袭击的现场想要寻找一些线索，却见一只有着恐怖脸孔的牛车化怪等在那里。此时晴明式神中的十二神将之一青龙，正因为晴明没找到穷奇而焦急得大发脾气。不仅如此，青龙似乎因为过去的什么事情，和红莲发生了争执。
第七集 在另一端操纵的女人之念
晴明收到了一封彰子寄来的书信，通知他有异变发生。灵力高强的彰子竟然受到了妖怪的袭击？于是晴明派昌浩前去拜访彰子，详细询问事情细节，彰子告诉昌浩，自己的亲戚圭子公主突然被来历不明的气缠上了。而今已经卧病在床的圭子公主，浑身上下都溢出不寻常的妖气，这天晚上她突然出现在彰子面前，并引诱她跟着自己前进离去。为了调查出真相，昌浩也前往圭子公主的府邸。
第8集 制止响彻贵船的抱怨
一直以来，到处都流传着一个奇怪的传说，有个女鬼每到丑时就会在贵船出没，而她不是别人正是圭子公主。其实这是来自异国他乡的妖怪们在利用圭子公主，并且，他们还把贵船神佛的力量都封住，隐藏在当地的显贵家里伺机而动。当昌浩为了寻找被抓走的彰子四处奔走的时候，圭子公主跑出来阻止他。为了拯救被深沉的怨念包围的圭子公主，更为了救回被抓走的彰子，昌浩这次不得不竭尽全力去拼命了。