20年前的《话说长江》，是中国电视史上载入史册的收视奇迹，如今的《再说长江》则是中国电视史上规模最大的一次记录长江行动，并且用高清摄像机记录了当年《话说长江》限于技术问题而没能拍摄到的长江源。
第一集 大江巨变
20多年前，一部史诗般的电视系列节目《话说长江》中的影像，拍摄者将镜头对准中国最长的河流长江，记录下与它有关的神奇自然、厚重人文和长江流域人们的生存状态。上世纪80年代，一个将改变中国人生活的时代正在到来，时代变迁的急促脚步，成为《话说长江》中，最具历史张力的影像。
2004年，距离《话说长江》播出整整20年后，中央电视台《再说长江》摄制组，沿着长江开始了又一次大规模拍摄。这是对20年前脚步的追寻，某种意义上，这是跨越不同时空的同一次纪录……
第二集 重上江源
历史上，走近长江源头的人微乎其微，人类文明未曾触及的地方，竟是如此精彩，在海拔5000米以上的生命禁区，雪山、河流、沼泽，共同孕育了一条大江的源头。
第三集 生命的高原
一条铁路穿越三条江河的源头，一支队伍护佑着可可西里的安宁，一个藏族家族延续着通天河畔种树的历史。20年前，他沿着青藏公路朝拜，现在，他循着青藏铁路继续着自己的虔诚。在那一刻，我们的信仰似乎真的是沿着这高原生命线延伸活佛沿线继续自己的虔诚之旅，长江源可可西里自然保护区的动物们则横跨这条生命线完成自己的生命繁衍之旅。它们得到了长江源防护林的庇护，得到了可可西里保护站的干警们的照料，得到了青藏公路司机们的理解。这种人与自然的和谐，才是高原生命最强音。 这些故事都因为长江而流传……
第四集 金沙流韵
三江并流图古老的横断山脉中，并行奔腾着三条大江，西面的两条大江向南流去，唯有东面的那一条，固执的转过了270度的大拐弯，一路向东，穿越华夏大地，迢迢6300公里，终于汇入东海，这条大江，就是长江的上游，金沙江。在这里，长江在它东区的路上给世人留下了最初的记忆，悠悠金沙江就象改革20年的中国，出手就是一个大手笔，给世人一个惊喜。到处是欣欣向荣的景象，到处是追赶世界的脚步，到处流露出时尚的元素但又不是典雅端庄。金沙江，你在书写第一诗篇之后继续东流，中国，你在给人惊喜之后迈着时代的步伐继续前进。
第五集 一江东去
从源头开始，长江就开始寻找东流入海的道路。一个决定命运的转折；一路执著的穿山破冰之旅；一段汹涌澎湃的能量积蓄。长江在走出三峡之后终于找到了自己的归宿。
第六集 水的年轮
在高大的岷山腹地，隐藏了两个注定要让世人惊叹的秘密——九寨和黄龙。沉寂了亿万年之后，那一次偶然的际遇，使它们终于为人所知，最先来到这里的人，在它们绝世的美丽面前目瞪口呆…… 仅仅20年间，九寨与黄龙名满天下。水，是造就这两个人间仙境的精灵。九寨与黄龙因水而神奇，因水而神秘，因水而神圣。水，可以有多美？看过九寨和黄龙就会知道。 而在这片美丽中，大自然亿万年的造化隐藏了无数的秘密——
在青藏高原的西南缘，苍劲的岷山深处，海拔3000米之上的九寨和黄龙，它们婀娜的身姿是怎样穿越了亿万年的时空来到人们面前？这些幻化着神奇色彩的水来自哪里？又去向何方？九寨沟幽深的五花海里，什么样的神秘力量让它在严寒的冬季中不会冻结？九寨和黄龙的水，是怎样以各自分明的颜色流淌在一条河流中，最终奔向了长江的怀抱？让人心醉的容颜和层层迷雾后的身世使得九寨和黄龙更加魅力无穷。
第七集 青铜岁月
在近一个世纪以来的考古发掘中，考古学家始终未能在长江流域找到一个与黄河流域的殷商同时代的，具有类似规模的泱泱大国，20世纪末，长江上游的“三星堆”立即成为举世瞩目的焦点。
第八集 古蜀沉浮
在考古学家、历史学家、出土文物、和相关人物的表述中，一个厚重的神秘古蜀王国变得可以触摸。“三星堆”的发掘弥补了长江上游文化的空白，现在展现在我们面前的是一条完整的长江文明史。
第九集 水润锦官城
长江上游的岷江，滋润着一片平川——成都平原。生活在这个城市的人们悠闲而浪漫。这是一个水与城市、生命的故事。