许多认为是药就有负作用，因此对停止避孕药后怀孕是否对胎儿产生影响有疑虑。研究报告指出，使用过口服避孕药的妇女并不会增加胎儿先天畸形的机率，它不但不会增加染色体异常机率，也不会造成流产或死产等并发症。即使停药后，下个月马上怀孕，也不会增加胎儿流产或畸形的机率。
实际临床上遇到许多妇女使用口服避孕药却避孕失败，或是不知道已受孕仍继续服用避孕药时，往往在门诊咨询后选择堕胎。有些报告认为，恢复正常排卵机能所需的时间，与你所服用避孕药的雌性激素剂量有关，而跟使用时间长短并无明显的关系。
但有少数妇女使用口服避孕药在停药后6个月后月经还不来，也就是临床上所谓的「停药后无月经症」。因此不孕的问题就此产生。形成这种疾病的原因不明，许多报告指出，这与使用前就已存有的某些疾病有关，如高泌乳素血症、下视丘脑垂体功能障碍等妇女，比较容易发生停药后无月经症。何志明主任表示，口服避孕药停药后，超过6个月以上月经仍未来报到，可就近请教妇产科之专科医师做详细的检查。
口服避孕药其关键在于需要每天服用，一旦忘了服用就失去避孕的效果。服下的药丸其避孕效果只有24小时左右，多数的口服避孕药是不会残留在体内。因此，即使停止使用立刻怀孕，也不用担心会对腹中的胎儿有所影响。